@pure_mm 取り急ぎ、まずはざっくりした回答になります。
Concrete CMS のバージョンはいくつでしょうか？
9.2.1 であれば
canonical タグの出力の処理は
/concrete/elements/header_required.php の 133-137行目に記述してあります。
まず、/application/elements/header_required.php にファイルをコピーし、サイト独自のカスタマイズが加えられる様にします。
そうして、 133-137 の部分の処理を希望の挙動に変えて、 $canonicalLink の部分を出し分けできる様にすれば可能になると思います。
ただ、ここのオーバーライドをしてしまうと、最新の Concrete CMS アップグレード時にご自分のコードの修正を行わないといけません。
ご確認ください。